1. Giornata
06.09.1988 Valur Reykjavík - AS Monaco 1:0 (0:0)
BFC Dynamo - Werder Bremen 3:0 (1:0)
07.09.1988 Club Brugge KV - Brøndby IF 1:0 (0:0)
Dundalk FC - Crvena Zvezda 0:5 (0:0)
Górnik Zabrze - Jeunesse Esch 3:0 (2:0)
Hamrun Spartans - Nentori Tiranë 2:1 (0:1)
Budapest Honved SE - Celtic FC 1:0 (1:0)
Pezoporikos Larnaca - IFK Göteborg 1:2 (1:1)
AE Lárissa - Neuchâtel Xamax FC 2:1 (1:0)
FC Porto - HJK Helsinki 3:0 (2:0)
Rapid Wien - Galatasaray 2:1 (1:0)
TJ Sparta CKD Praha - CSA Steaua București 1:5 (1:2)
Spartak Moskva - Glentoran Belfast 2:0 (0:0)
Real Madrid - Moss FK 3:0 (3:0)
Vitosha Sofia - Milan 0:2 (0:1)
04.10.1988 AS Monaco - Valur Reykjavík 2:0 (2:0)
05.10.1988 Brøndby IF - Club Brugge KV 2:1 (1:0)
Crvena Zvezda - Dundalk FC 3:0 (1:0)
Jeunesse Esch - Górnik Zabrze 1:4 (1:2)
Nentori Tiranë - Hamrun Spartans 2:0 (0:0)
Celtic FC - Budapest Honved SE 4:0 (1:0)
IFK Göteborg - Pezoporikos Larnaca 5:1 (4:1)
Neuchâtel Xamax FC - AE Lárissa 3:0 (0:0, 2:1, 2:1) dr
HJK Helsinki - FC Porto 2:0 (0:0)
Galatasaray - Rapid Wien 2:0 (0:0)
CSA Steaua București - TJ Sparta CKD Praha 2:2 (1:1)
Glentoran Belfast - Spartak Moskva 1:1 (0:0)
Moss FK - Real Madrid 0:1 (0:1)
06.10.1988 Milan - Vitosha Sofia 5:2 (3:1)
11.10.1988 Werder Bremen - BFC Dynamo 5:0 (1:0)
Ottavi di finale
26.10.1988 Celtic FC - Werder Bremen 0:1 (0:0)
Club Brugge KV - AS Monaco 1:0 (0:0)
Nentori Tiranë - IFK Göteborg 0:3 (0:2)
Neuchâtel Xamax FC - Galatasaray 3:0 (0:0)
Milan - Crvena Zvezda 1:1 (0:0)
PSV Eindhoven - FC Porto 5:0 (3:0)
CSA Steaua București - Spartak Moskva 3:0 (1:0)
Górnik Zabrze - Real Madrid 0:1 (0:0)
08.11.1988 Werder Bremen - Celtic FC 0:0 (0:0)
09.11.1988 AS Monaco - Club Brugge KV 6:1 (5:0)
IFK Göteborg - Nentori Tiranë 1:0 (1:0)
Galatasaray - Neuchâtel Xamax FC 5:0 (1:0)
FC Porto - PSV Eindhoven 2:0 (1:0)
Spartak Moskva - CSA Steaua București 1:2 (1:1)
10.11.1988 Crvena Zvezda - Milan 2:4 (1:1, 1:1, 1:1) dr
Real Madrid - Górnik Zabrze 3:2 (1:1)
Quarti di finale
01.03.1989 IFK Göteborg - CSA Steaua București 1:0 (0:0)
Werder Bremen - Milan 0:0 (0:0)
PSV Eindhoven - Real Madrid 1:1 (0:1)
AS Monaco - Galatasaray 0:1 (0:1)
15.03.1989 CSA Steaua București - IFK Göteborg 5:1 (3:0)
Milan - Werder Bremen 1:0 (1:0)
Real Madrid - PSV Eindhoven 2:1 (0:0, 1:1) dts
Galatasaray - AS Monaco 1:1 (0:0)
Semifinali
05.04.1989 Real Madrid - Milan 1:1 (1:0)
CSA Steaua București - Galatasaray 4:0 (2:0)
19.04.1989 Milan - Real Madrid 5:0 (3:0)
Galatasaray - CSA Steaua București 1:1 (1:1)
Finale
24.05.1989 20:15 Milan - CSA Steaua București 4:0 (3:0)