1. Giornata
07.09.1988 Stoccarda - Tatabanya Banyasz SC 2:0 (0:0)
Royal Antwerp FC - Colonia 2:4 (2:1)
Bayern Monaco - Legia Warszawa 3:1 (2:0)
Bayer Leverkusen - Os Belenenses 0:1 (0:0)
Roma - 1. FC Nürnberg 1:2 (0:1)
FC Groningen - Atlético Madrid 1:0 (1:0)
FC Aarau - 1. FC Lok Leipzig 0:3 (0:0)
St Patrick's Athletic - Heart of Midlothian 0:2 (0:2)
Zalgiris Vilna - Austria Wien 2:0 (0:0)
Sporting CP - AFC Ajax 4:2 (3:1)
Real Sociedad - Dukla Praha 2:1 (1:1)
Union Luxembourg - RFC de Liège 1:7 (1:2)
Inter - IK Brage 2:1 (1:0)
ÍA Akranes - Újpesti Dózsa SC 0:0 (0:0)
Rangers FC - GKS Katowice 1:0 (0:0)
Aberdeen FC - Dynamo Dresden 0:0 (0:0)
Dnepr Dnepropetrovsk - Girondins Bordeaux 1:1 (0:1)
Östers IF - DAC Dunajská Streda 2:0 (0:0)
TPS Turku - Linfield FC 0:0 (0:0)
Molde FK - KSV Waregem 0:0 (0:0)
Malmö FF - Torpedo Moskva 2:0 (1:0)
First Vienna FC - Ikast FS 1:0 (1:0)
Oţelul Galaţi - Juventus 1:0 (0:0)
Velež Mostar - APOEL Nikosia 1:0 (1:0)
AEK Athen - Athletic Bilbao 1:0 (1:0)
Montpellier La Paillade SC - SL Benfica 0:3 (0:2)
Sliema Wanderers - Victoria Bucuresti 0:2 (0:1)
Napoli - PAOK Saloniki 1:0 (0:0)
Partizan - Slavia Sofia 5:0 (2:0)
Servette Genève - Sturm Graz 1:0 (0:0)
Trakia Plovdiv - Dinamo Minsk 1:2 (0:1)
Beşiktaş - NK Dinamo Zagreb 1:0 (1:0)
05.10.1988 Legia Warszawa - Bayern Monaco 3:7 (1:4)
Atlético Madrid - FC Groningen 2:1 (1:1)
1. FC Lok Leipzig - FC Aarau 4:0 (2:0)
Heart of Midlothian - St Patrick's Athletic 2:0 (1:0)
Austria Wien - Zalgiris Vilna 5:2 (4:1)
AFC Ajax - Sporting CP 1:2 (0:1)
Dukla Praha - Real Sociedad 3:2 (1:0)
RFC de Liège - Union Luxembourg 4:0 (2:0)
IK Brage - Inter 1:2 (1:1)
Újpesti Dózsa SC - ÍA Akranes 2:1 (1:0)
GKS Katowice - Rangers FC 2:4 (1:2)
Dynamo Dresden - Aberdeen FC 2:0 (1:0)
Girondins Bordeaux - Dnepr Dnepropetrovsk 2:1 (0:1)
DAC Dunajská Streda - Östers IF 6:0 (4:0)
Linfield FC - TPS Turku 1:1 (0:1)
KSV Waregem - Molde FK 5:1 (1:0)
Torpedo Moskva - Malmö FF 2:1 (1:0, 2:0) dts
Ikast FS - First Vienna FC 2:1 (0:1)
Juventus - Oţelul Galaţi 5:0 (3:0)
APOEL Nikosia - Velež Mostar 2:5 (1:1)
Athletic Bilbao - AEK Athen 2:0 (2:0)
SL Benfica - Montpellier La Paillade SC 3:1 (1:0)
Victoria Bucuresti - Sliema Wanderers 6:1 (5:0)
PAOK Saloniki - Napoli 1:1 (0:1)
Slavia Sofia - Partizan 0:5 (0:0)
Sturm Graz - Servette Genève 0:0 (0:0)
Dinamo Minsk - Trakia Plovdiv 0:0 (0:0)
NK Dinamo Zagreb - Beşiktaş 2:0 (1:0)
11.10.1988 Tatabanya Banyasz SC - Stoccarda 2:1 (0:0)
12.10.1988 Colonia - Royal Antwerp FC 2:1 (2:1)
Os Belenenses - Bayer Leverkusen 1:0 (0:0)
1. FC Nürnberg - Roma 1:3 (1:2, 1:2) dts
2. Giornata
26.10.1988 Bayern Monaco - DAC Dunajská Streda 3:1 (1:0)
Colonia - Rangers FC 2:0 (0:0)
NK Dinamo Zagreb - Stoccarda 1:3 (0:1)
Partizan - Roma 4:2 (2:1)
Velež Mostar - Os Belenenses 0:0 (0:0)
Sporting CP - Real Sociedad 1:2 (1:1)
Heart of Midlothian - Austria Wien 0:0 (0:0)
1. FC Lok Leipzig - Napoli 1:1 (0:0)
Újpesti Dózsa SC - Girondins Bordeaux 0:1 (0:1)
Juventus - Athletic Bilbao 5:1 (3:1)
Dynamo Dresden - KSV Waregem 4:1 (3:0)
First Vienna FC - TPS Turku 2:1 (1:1)
Malmö FF - Inter 0:1 (0:0)
RFC de Liège - SL Benfica 2:1 (0:0)
FC Groningen - Servette Genève 2:0 (1:0)
Dinamo Minsk - Victoria Bucuresti 2:1 (1:0)
09.11.1988 DAC Dunajská Streda - Bayern Monaco 0:2 (0:2)
Rangers FC - Colonia 1:1 (0:0)
Stoccarda - NK Dinamo Zagreb 1:1 (0:0)
Roma - Partizan 2:0 (1:0)
Os Belenenses - Velež Mostar 3:4 (0:0, 0:0, 0:0) dr
Real Sociedad - Sporting CP 0:0 (0:0)
Austria Wien - Heart of Midlothian 0:1 (0:0)
Napoli - 1. FC Lok Leipzig 2:0 (1:0)
Girondins Bordeaux - Újpesti Dózsa SC 1:0 (0:0)
Athletic Bilbao - Juventus 3:2 (0:1)
KSV Waregem - Dynamo Dresden 2:1 (1:0)
TPS Turku - First Vienna FC 1:0 (0:0)
Inter - Malmö FF 1:1 (1:0)
SL Benfica - RFC de Liège 1:1 (0:1)
Servette Genève - FC Groningen 1:1 (1:0)
Victoria Bucuresti - Dinamo Minsk 1:0 (0:0)
Ottavi di finale
23.11.1988 Bayern Monaco - Inter 0:2 (0:0)
Real Sociedad - Colonia 1:0 (0:0)
FC Groningen - Stoccarda 1:3 (0:3)
Heart of Midlothian - Velež Mostar 3:0 (1:0)
Girondins Bordeaux - Napoli 0:1 (0:1)
Dynamo Dresden - Roma 2:0 (1:0)
RFC de Liège - Juventus 0:1 (0:1)
Victoria Bucuresti - TPS Turku 1:0 (1:0)
07.12.1988 Inter - Bayern Monaco 1:3 (1:3)
Colonia - Real Sociedad 2:2 (2:1)
Stoccarda - FC Groningen 2:0 (1:0)
Velež Mostar - Heart of Midlothian 2:1 (1:0)
Napoli - Girondins Bordeaux 0:0 (0:0)
Roma - Dynamo Dresden 0:2 (0:0)
Juventus - RFC de Liège 1:0 (1:0)
TPS Turku - Victoria Bucuresti 3:2 (1:2)
Quarti di finale
28.02.1989 Stoccarda - Real Sociedad 1:0 (1:0)
Heart of Midlothian - Bayern Monaco 1:0 (0:0)
Juventus - Napoli 2:0 (2:0)
Victoria Bucuresti - Dynamo Dresden 1:1 (0:1)
15.03.1989 Real Sociedad - Stoccarda 2:4 (1:0, 1:0, 1:0) dr
Bayern Monaco - Heart of Midlothian 2:0 (1:0)
Napoli - Juventus 3:0 (2:0, 2:0) dts
Dynamo Dresden - Victoria Bucuresti 4:0 (0:0)
Semifinali
05.04.1989 Napoli - Bayern Monaco 2:0 (1:0)
Stoccarda - Dynamo Dresden 1:0 (0:0)
19.04.1989 Bayern Monaco - Napoli 2:2 (0:0)
Dynamo Dresden - Stoccarda 1:1 (0:0)
Finale
03.05.1989 Napoli - Stoccarda 2:1 (0:1)
17.05.1989 Stoccarda - Napoli 3:3 (1:2)